Berikut program studi yang ada di universitas nommensen pematangsiantar:
1. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) : Pendidikan Bahasa Indonesia, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Bahasa Jerman, Pendidikan Biologi, Pendidikan Ekonomi, Pendidikan Fisika, Pendidikan Guru Sekolah Dasar, Pendidikan Kewarganegaraan, Pendidikan Kimia, Pendidikan Matematika, Pendidikan Kimia.
2. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) : Matematika
3. Fakultas Teknik dan Penglolaan Sumber Daya Perairan 9 (FTPSP) : Teknik Mesin, Manajemen Pengelolaan Sumber Daya Air.
Sejarah Universitas HKBP Nommensen Pematangsiantar
Berdasarkan historisnya, universitas ini diselenggarakan oleh Yayasan Universitas Huria Kristen Batak Protestan. Berdiri sejak tahun 1954, universitas ini dulunya memiliki 3 fakultas yaitu Fakultas Theologia, Fakultas Hukum, Fakultas Ekonomi. Namun pada 1955 Fakultas Hukum di tutup karena kekurangan tenaga pengajar, sedangkan Fakultas Ekonomi dipindahkan ke Medan.
Pada tahun 1962 didirikanlah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan di Pematangsiantar dengan program studi Ilmu Pengetahuan Sosial (Pendidikan Dunia Usaha/Tata Buku), Pendidikan Bahasa Asing (Bahasa Jerman), Pendidikan Biologi dan Ilmu Pengetahuan Alam yang membahas lebih dalam tentang hewan maupun tumbuhan, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Bahasa dan Seni, Ilmu Pasti, Civic Hukum, dan Pendidikan Agama Kristen.
Pada 1 Januari 1966 berdasarkan Surat Keterangan Terdaftar di Departemen Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan diberikan status terdaftar terhadap 5 (lima) jurusan yaitu: Jurusan Pendidikan Umum, Jurusan Bahasa Inggris, Jurusan Civics/Hukum, Jurusan Bahasa Jerman, dan Jurusan Pendidikan Agama Kristen yang masuk pada Fukultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan.
Berikutnya pada tahun 1992 dibuka Program Studi Pendidikan Biologi.
Pada tahun 1978 Fakultas Theologia berdiri sendiri menjadi Sekolah Tinggi Theologia (STT) HKBP Pematangsiantar dan sejak itu mahasiswa Fakultas Theologia Universitas HKBP Nommensen dipindahkan seluruhnya ke STT HKBP Pematangsiantar.
Selanjutnya, pada saat ini. Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi (Kemenristekdikti) telah menerbitkan izin pendirian Universitas HKBP Nommensen Pematangsiantar di Kota Pematangsiantar yang diselenggarakan oleh Yayasan Universitas Huria Kristen Batak Protestan Nommensen dengan Nomor 715/KPT/I/2017 tanggal 06 Desember 2017.
Dengan Program Studi yang diselenggarakan : Pendidikan Matamatika, Pendidikan Fisika, Pendidikan Kimia, Pendidikan Biologi, Matematika, Fisika, Kimia, Biologi, Teknik Mesin, Manajemen Pengelolaan Sumberdaya Perairan, Pendidikan Bahasa Inggris, Pendidikan Bahasa Indonesia, Pendidikan Bahasa Jerman, Pendidikan Kewarganegaraan, Pendidikan Ekonomi dan Pendidikan Guru Sekolah Dasar (PGSD).
Fasilitas Universitas HKBP Nommensen
- Klinik
- Auditorium
- Gedung Serba Guna
- Bengkel
- Perpustakaan Universitas
- Sarana Olahraga
- Laboratorium
- Organisasi Kemahasiswaan